1、税局认证纳税人在收到增值税进项税收据后首先须要查看抵扣联(第一联)和发票联(第二联)是否齐全，核查开票的内容是否真实、正确，并检测是否有加盖单位收据专用章。在检测无误后再带上抵扣联去税务局认证，由税务局工作人员将收据信息扫入系统，由系统手动进行比对。认证完成后，税务机关工作人员会归还抵扣联，并复印出一式两联的增值税发票认证结果清单和认证结果通知书，需要纳税人盖上置于窗口的认证专用章。
2、扫描仪认证以下为扫描仪认证操作方法：
（1）纳税人将扫描仪接入笔记本，连接网路，打开企业端软件，选择相应的扫描仪，进入系统；
（2）将待认证的抵扣联正确地放置在扫描仪上，点击专用收据网上认证或是机动车/货运票网上认证对相应的收据类型进行网上认证；
（3）进入网上认证页面后，点击单张扫描或高速扫描按键，软件手动扫描收据图象并辨识收据电子数据，扫描辨识产生收据电子数据后，请对照抵扣联原件，核对电子数据。如有辨识不确切的，依照抵扣联原件，通过鼠标手工更改。
（4）点击网上认证再进行实时认证，对于返回结果为“认证通过”的，纳税人可进行下一步的下载复印通知书的操作；对于返回结果为“认证未通过”的，请仔细核实电子数据与抵扣联原件是否一致，如不一致，可能是扫描辨识有误或手工录入有误，根据抵扣联原件校准电子数据后，再次进行传输认证；
（5）单击通知书选择要下载通知书的“所属月份”（默认为当月），单击“下载认证结果通知书”按钮。通知书下载完毕后，单击“打印通知书”按钮，打印认证结果通知书和认证结果清单。
3、网上勾选认证本方法可认证抵扣的收据包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一收据。
（1）在笔记本上插入税控盘，进入增值税发票认证平台，输入证书密码，点击登陆（每次使用本系统时均需确保用于辨识用户身分的金税盘或税控盘处于联接状态）；
（2）点击菜单收据勾选，选择开票起始结束日期，点击查询，会显示出未认证的收据；
（3）勾选并确认当期要认证的收据，点击保存；
（4）弹出勾选确认信息，再次确认金额税额有无错误，然后点击确认，再次弹出提示数据递交成功的对话框，再点击确认，勾选收据成功；
（5）如果收据数据量够多，则点击批量勾选，经过下载和筛选，最后点击上传，完成批量勾选处理；
（6）发票勾选完毕后，返回主界面，点击确认勾选菜单，页面手动跳转到确认勾选功能模块，确认标志勾选“已勾选未确认”，点击确认按键确认。弹出收据确认汇总窗口，再次确认勾选金额税额是否正确，如正确点击递交即可；
（7）认证完后，过一段时间才能查到申报抵扣收据统计表。网上进行的销项认证在一个月内可以进行多次认证的，最后会统计上去。
法律依据：
《增值税专用发票使用规定》第十四条通常纳税人取得专用收据后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部份退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关补报《开具红字增值税专用发票申请单》。
