首先，找出评审员觉得的主要问题，例如，评审意见是否都针对研究方式?还是指责你解释研究结果的方法?你是否有其他的数据能加进论文里支持你的论据?一旦明晰评审觉得的主要问题，就能继续进行下一步，撰写回复。
如果评审员给的意见是长篇大论，试着把它们列成几个点，方便你逐点回复，如果有任何意见可以从不同面向剖析，在回复的开头说明你是怎样理解这项意见，然后再开始你的阐述。
以下是几点注意事项：
这些我们应当做好：
1、跟共同作者或熟悉你研究的朋友讨论，与其他共同作者一起脑力激荡可以帮助你找出回复评审意见的最好形式。
2、确认你完整的回复所有的意见，如果文章内早已有回复评审意见的内容，或是有任何意见是与该研究无关，也记得要在回复中说明。
3、即使不同意某项意见与建议，也要言辞有礼。
4、必要的时侯，注明文献来源或附上附件/未发表的数据来支持你的论据。
5、及时提交回复意见与更改稿件并明晰标明依照评审意见做的论文更改。
具体的我们应当怎样做呢？
首先，用真诚的心态回答问
要记得，审稿人都是白干活不拿饭钱的。这种共产主义精神早已很稀少了。所以在言辞上一定要尊重她们。即使有的时侯，因为研究方向不是很一致的她们有的问题有点业余，或者是提意见比较不客气。所谓心态决定一切。一份好的答案，不但可以消掉审稿人的偏见，还可以给你们留下好印象。在学术圈里，能给审稿人跟编辑留一个好印象可以让之后的路走得愈发平坦。
第二，回答问题的时侯要附上一个cover letter。
里面包含几句话就够了。第一句，感谢编辑安排审稿以及审稿人提出的宝贵意见。第二句，我们早已认真根据审稿人的要求对问题一一作答，并对文章进行了仔细的更改，文章的所有更改都注重标出。也许仅仅是客套话，但是会让编辑跟审稿人舒心不少。
第三，另外起草一个response letter。
在这儿用问答式一一列举每位审稿人的意见而且一一作答。对于文字的更改要求，直接接受就行了。因为这种更改不会捏造文章的本意，而且还有可能让文章读起来愈发流畅。有的审稿人要求降低参考文献，也照办就行了。可以猜出该参考文献跟审稿人应当是有点渊源的，各取所需就是了。回答问题的时侯，最好简约，就事论事，不要拖泥带水。要注意不要由于回答了某个问题而引入更多的问题，尽量将讨论局限在小范围内。
第四，合理把握更改和argue的分寸。
所谓更改就是对文章内容进行的更改和补充，所谓argue就是在回复信中对审稿人的答复。这其中大有文章可做，中心思想就是容易改的照改，不容易改的或则不想改的跟审稿人argue。对于句型、拼写错误、某些词汇的更换、对个别公式和图表做进一步解释等相对容易做到的更改，一定要一毫不差的依据审稿意见照做。而对于新意不足、创新性不够这类根本无法改的，还有例如跟算法A，B，C，D做比较，补充大量实验等短时间内根本无法完成的任务，我们则要有理有据的argue。
在Argue的时侯首先要肯定审稿人说的很对，他提出的方式也挺好，但本文的重点是......，跟他说的不是一回事。然后为了表示对审稿人的尊重，象征性的在文中加上一段这方面的discussion，这样既照料到了审稿人的面子，编辑那也能交代的过去。
第五，聪明的把握更改时间。
拿到审稿意见，如果是minor，意见只有寥寥数行，那当然会情不自禁的一蹴而就，一天甚至几小时搞定修改稿。这时候，问题在于要不要马上投回家了?那就先放一放，多看一看，两个星期以后再投出去。这样首先防止了因为大喜过望而没能及时检测出的小毛病，还不会让编辑认为你是在敷衍他。如果结果是major，建议起码放一个月再投出去，显得比较诚恳。
这些我们应当避开：
1、不要争辩每一个意见，如果评审员建议了一个你不是很同意的更改，但这个更改不是很大、能简单改好、也不会改变你研究的价值，进行更改会比争吵来得容易。
2、不要把评审的负面意见当作是这对个人的功击，尽量以中立的角度来看它之后竭力回复。
3、避免在抨击时使用“我们完全不同意”等字眼。
4、不要拒绝评审员对原始数据的要求。
5、万一文稿在评审后未果或是评审意见很难回答，作者一般会拒绝回复评审意见之后直接改投另一家刊物。即使在这些情况下，还是建议你尽量按照意见更改，这多少能提升你投稿到其他刊物时的接受机会。
6、有一些问题十分难回答。比如审稿人认为文章的创新点极少，文章的内容意义不大，或者强调了一个关键的问题。这些是文章的败笔，有时候没办法改。这个时侯也不能泄气或则自暴自弃，而采用忽视该审稿人的意见或则干脆就不改文章的办法。尽管问题很难回答，但是还是客观地争取一下。要知道每位人的看法不同，虽然一个审稿人认为意义不大，但是决定权其实是在编辑手里，只要编辑认为文章还符合刊物的要求，文章就还有希望。同时也要记得，回答问题不单单是在回答某个审稿人的具体问题，而是同时给其他审稿人以及编辑看的，要企图得到她们的帮助。
